A riesgo de equivocarme y partiendo que el sistema de refrigeración está en buenas condiciones y conduce de manera similar, los diesel trabajan con ciclos de más presión y temperatura que los de gasolina (por eso necesitan los calentadores en frío). Por ello, suelen llevar unos radiadores mayores que sus semejantes en gasolina. En este caso, como le ha hecho un repro al coche, este irá más ‘apretado’, en el sentido que la combustión es más potente, por ende genera más calor. Para la repro, se suele decir que subas la calidad del aceite y acortes los cambios de este, debido al mayor desgaste que sufre. Esto reducirá algo (unos grados) la temperatura, pero no cambies la viscosidad ni características que pide, que eso generaría otros problemas.
Eso con respecto al aceite, con respecto a la refrigeración (exclusivamente el circuito), como he dicho, sube la temperatura general de motor, por lo que el radiador tiene que trabajar más. Los radiadores viene diseñados para una potencia calorífica que necesitan disipar (por eso en tu coche de serie no llegas a esa temperatura), por lo que si esa cantidad de calor aumenta, puede quedarse corto. Con una stage 1, no creo que sea el caso, depende de cuanto le hayan subido y de como se la hayan hecho.
En resumen: primero, revisa que esté en buen estado el sistema de refrigeración (radiador, agua, bomba…). En caso de que la repro esté bien hecha y quiera mantenerla, si disponéis de los medios, cambiad la temperatura a la que salta el electroventilador (unos 3-5 grados como máximo, no queremos que funcione todo el rato y/o cambia el aceite a uno ‘mejor’ (manteniendo viscosidad y homologaciones). Si todo esto no funciona y aún quiere seguir manteniendo esa repro, tendría que pensar en mejorar el sistema de refrigeración.