Yo llevo casi 4 años con el Start&Stop (mi Tiguan lo tiene); durante los dos primeros años siempre lo desconectaba nada más arrancar... y a los 78.000 Km al querer pasar la Campaña de emisiones de Volkswagen hubo que cambiar la válvula EGR y su refrigerador. Ahora llevo casi otros tantos kilómetros dejando funcionar este Sistema normalmente, salvo en algunas ocasiones en las que considero que es mejor que no se pare, como recién dejada la autovía, tras un viaje largo o puertos de montaña, etc... el coche no se para siempre, el sistema determina si es conveniente o no (por ejemplo en frío casi nunca para el motor, como comentaban antes).
Yo lo dejaría funcionar una vez acabado el rodaje (tampoco creo que sea bueno parar mucho el motor en esa iniciación al trabajo para las piezas del mismo). Tanto la batería como el sistema de arranque electrónico son dispositivos adaptados y pensados para llevar a cabo el esfuerzo que requiera esta asistencia; estará en cada uno de nosotros la determinación de si merece o no la pena (seguro que el ahorro de combustible en el FIS no compensa el cambiar la batería antes, a mi modo de ver esto; pero otros componentes agradecen su funcionalidad, la soportan y estan reforzados desde el diseño del vehículo para funcionar sin problemas durante años, además de ser probados, aprobados y pasados a serie por su buena respuesta general).